準備試劑和培養基的最終目標是保證其純度;1,避免混入抑制物及有毒物質;2,確保對試劑的組分完全了解,各組分的功能十分清楚;3,減少微生物污染的危險.
多數試劑和培養基均可以通過高壓滅菌(如果加熱后較穩定,例如水,鹽溶液,氨基酸水解產物)或膜過濾的方法(加熱后不穩定)進行滅菌.進行高壓滅菌時,溶液應分裝入硼硅酸鹽玻璃瓶,蓋子最好擰松以減少破裂的可能.瓶內產生的蒸汽有助于阻止高壓滅菌器產生的蒸汽進入瓶子,但瓶內液體的體積需要隨后用無菌的超純水(UPW)來恢復.如果用無菌顯示儀器,無菌指示劑(如Thermalog)和可記錄式溫度計的探針,則應將其放在消毒器中央的模擬樣品中.
直接送入大型培養容器以及工業化或半工業化的生物反應器中的培養基和試劑,可采用短時超高溫處理的方法(Alfa-Laval)進行流水線式的滅菌.這一過程如果應用于培養基的生產,可能會提高自動化程度,也可最終降低價格.